海牙法庭随后指控卡拉季奇涉嫌犯有种族清洗和反人类两项罪行，特别是对长达三年多的围困萨拉热窝和发生在1995年7月的斯雷布雷尼察屠杀事件负有直接责任。西方媒体报道说，至少有7500名穆斯林平民在斯雷布雷尼察被枪杀，这被认为是二次大战后发生在欧洲的最残酷的屠杀事件。
从此，这位在战争期间威震一方的人物从公众视线中消失，过着隐姓埋名的生活。
比拉登更难抓的人
12年来，北约特种部队想尽各种办法，搜遍了波黑东部和南部的深山丛林，而且使用了电话监听、提高悬赏等种种手段，但卡拉季奇仍然踪迹全无。美英官员不禁惊叹，卡拉季奇是“比拉登更难抓”的人。
卡拉季奇究竟在哪里？谁也说不清楚。不过，他一直没有远离家乡。2002年圣诞节，不少波黑塞族居民收到了卡拉季奇用手机发送的节日祝贺。海牙总检察官波尔庞特表示，根据电话监听的结果，卡拉季奇一直在波黑，可能躲藏在波黑与塞尔维亚或黑山的交界地区。
四年前，英国广播公司(BBC)记者采访了卡拉季奇妻子丽吉杰娜。时年58岁的她在帕莱开一家小诊所，女儿索基娜当时正在学习中医。丽吉杰娜说：“其实我也想知道他现在在哪里，但我真的不知道。我最后一次见到他是4年前，当时时间很短，很匆忙，从此以后我们就再也没见过面。”对于丈夫，丽吉杰娜表现得很有信心，她说：“他是个积极乐观的人，对生活充满信心。别忘了，他可是位精神病专家，身陷危机时，他知道该如何应对。”
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